El volante fue parte de las selecciones juveniles Sub 15 y Sub 17. Con esta última, disputó el Mundial de la categoría en Brasil 2019.
César Pérez es un habitual en las selecciones menores de La Roja. En 2017, participó del Sudamericano Sub 15 de Argentina, dirigido por Cristian Leiva. Y, dos años después, jugò en el Sudamericano Sub 17 de Perú.
En aquel torneo, Chile consiguió el segundo puesto, logrando un boleto al Mundial de Brasil. Unos meses después debutó en el profesionalismo vistiendo la camiseta de Magallanes. En la Copa del Mundo, sumó minutos en algunos compromisos.
Además, en 2020, fue parte de los microciclos de la Sub 20 a cargo de Patricio Ormazábal y participó en el torneo disputado en Brasil a fines de año. Ya en mayo del 2021, fue nominado por Martín Lasarte a un nuevo microciclo, pero esta vez de la Selección Adulta.
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