El zaguero también participó del Sudamericano de Paraguay, donde la Selección Sub 20 consiguió clasificar al torneo planetario.
Christian Sepúlveda fue nominado por José Sulantay para competir en el Sudamericano Sub 20 de 2007, a desarrollarse en Paraguay. A pesar de ser titular sólo en el 0-0 ante Argentina, participó activamente en otros seis encuentros, ingresando en el segundo lapso.
Tras el cuarto lugar y la clasificación al Mundial de Canadá, Sepúlveda fue nuevamente convocado y también tuvo un rol relevante en dicha cita. Participó en cinco encuentros, siendo estelar en los cuartos de final ante Nigeria y la definición por el tercer puesto ante Austria, donde Chile consiguió un hecho inédito tras vencer a los europeos por 1-0.
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