El oriundo de Pudahuel participó en el Mundial Sub 17 del 2015 y el Sudamericano Sub 20 del 2019, ambos desarrollados en Chile, y conquistó el oro en los Juegos Odesur de 2018.
Marcelo Allende se integró por primera vez a La Roja en 2015, cuando fue citado por Miguel Ponce para ser parte de la Selección Sub 17 que disputaría el Mundial realizado en Chile. El volante ofensivo fue titular en todos los encuentros que disputó la escuadra nacional en dicho torneo –cuatro–, y le marcó un gol a Nigeria y otro a Estados Unidos, ambos en fase de grupos.
Tres años más tarde, integró la Selección Sub 20 de Héctor Robles, la cual conquistó la medalla de oro en los Juegos Odesur de Cochabamba. Allende fue de los jugadores más destacados, anotándole un gol a Venezuela y el penal decisivo a Colombia, en semifinales.
Por último, el jugador que hoy milita en el Montevideo City Torque fue parte de la escuadra juvenil que participó en el Sudamericano Sub 20 de Chile, en 2019, y fue titular en los cuatro partidos que disputó la Selección Chilena.
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