El volante estuvo presente en los cuatro duelos que disputó la escuadra juvenil, y le marcó dos tantos a los anfitriones en octavos de final.
Joan Cruz llegó a La Roja en 2019, cuando fue citado por Cristián Leiva para participar en un torneo Sub 16 desarrollado por la UEFA en Finlandia, y como preparación para el Mundial Sub 17 de Brasil. El juvenil de Colo Colo se ganó un puesto en la nómina final, y estuvo presente en los cuatro duelos que disputó Chile en la Copa del Mundo.
Cruz fue titular ante Corea del Sur y en los octavos de final, frente a los anfitriones, donde anotó dos goles. En septiembre de 2020, fue convocado por Reinaldo Rueda a su primer microciclo con La Roja Adulta.
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